법인의 연구·인력개발비 세액공제에서 대표이사 인건비도 공제대상인가요?
네. 다만 공제대상 연구인력과 실제 연구업무 종사 요건을 충족하고, 주주인 임원에 대한 법정 제외요건에도 해당하지 않아야 합니다. 대표이사라는 직함이나 연구소 등록만으로 인건비가 자동으로 공제되는 것은 아닙니다.
직함보다 연구업무와 법정 제외요건을 봅니다
연구·인력개발비 세액공제는 기업부설연구소나 연구개발전담부서 등에서 실제 연구업무에 종사하는 연구전담요원 등의 인건비를 대상으로 합니다. 연구전담요원은 원칙적으로 연구개발 업무 외에 생산·판매·영업 등 기업활동에 관한 다른 업무를 겸할 수 없습니다. 일반적인 대표업무와 연구업무를 겸하는 경우에는 이 요건부터 확인해야 합니다.
창업 초기 소기업 대표자의 겸직 예외와 세액공제는 구분합니다
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률은 창업일부터 3년이 경과하지 않은 소기업의 연구전담자가 그 소기업의 대표자를 겸하는 경우를 겸직금지의 예외로 둡니다. 시행령도 이 대표자가 연구개발 업무를 하는 경우를 연구전담요원의 범위에 포함합니다. 이 예외는 연구소의 연구인력 요건에 관한 것으로, 주주인 임원에 대한 세액공제 제외규정을 없애는 규정은 아닙니다.
주주인 임원은 제외요건을 따로 확인합니다
다만 주주인 임원으로서 지배주주 등에 해당하거나 총발행주식의 10%를 초과해 소유하는 주주 등 법에서 정한 경우에는 해당 인건비가 연구·인력개발비 범위에서 제외됩니다. 주식매수선택권을 모두 행사하면 10%를 초과하게 되는 경우와 규칙이 정한 특수관계인도 함께 확인해야 합니다.
실제 연구업무 종사와 인건비 귀속도 확인합니다
형식상 연구소에 이름만 올린 경우가 아니라 실제 연구업무에 종사했는지, 연구개발비로 구분경리했는지, 연구개발계획서·보고서 등 보관의무를 지켰는지도 함께 확인해야 합니다.
관련 질문
관련 법령 원문
조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항 — 관련 부분 발췌
전담부서등에서 연구업무에 종사하는 … 연구전담요원 … 다만, 주주인 임원으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 제외한다.
국가법령정보센터 | 조세특례제한법 시행규칙 제7조 제3항 각 호
기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제9조 제1호
기업부설연구소등에 근무하는 자(연구를 전담하는 자에 한정한다)는 연구개발과 관련된 업무 외에 생산ㆍ판매ㆍ영업 등의 기업활동과 관련된 다른 업무를 겸하지 아니할 것(다만, 창업일부터 3년이 경과하지 아니한 「중소기업기본법」 제2조제2항에 따른 소기업의 기업부설연구소등에 근무하는 자가 해당 소기업의 대표자를 겸하는 경우에는 제외한다)
국가법령정보센터 | 기업부설연구소등의 연구개발 지원에 관한 법률 제9조
같은 법 시행령 제2조 제3호 나목
법 제9조제1호 단서에 따라 창업일로부터 3년이 경과하지 않은 「중소기업기본법 시행령」 제8조제1항에 따른 소기업(이하 “소기업”이라 한다)의 대표자로서 연구개발과 관련된 업무를 하는 사람
현행 시행규칙의 종전 법령 인용은 기업부설연구소법 부칙(법률 제20727호) 제7조와 같은 법 시행령 부칙(대통령령 제36055호) 제3조의 인용간주 규정에 따라 해당 현행 규정으로 연결하여 확인했습니다.
기업부설연구소법 부칙 제7조 · 같은 법 시행령 부칙 제3조
검토일: 2026. 10. 1.