프리랜서 사업소득의 3.3% 원천징수를 잘못 계산했으면 원천세 신고를 어떻게 바로잡나요?
처음 신고한 지급액이나 원천징수세액이 틀렸다면 해당 신고분을 수정하고, 부족한 세액은 추가 납부하며 과다 납부분은 조정환급 또는 환급신청으로 처리합니다. 소득세와 지방소득세는 각각 바로잡아야 합니다.
이 글은 국내 거주자에게 지급한 소득이 세법상 원천징수대상 사업소득에 해당하는 경우를 전제로 합니다. 일반적인 3.3%는 소득세 3%와 개인지방소득세 0.3%의 합계입니다. 근로소득·기타소득이나 비거주자 지급액에는 이 절차와 세율을 그대로 적용하지 않습니다.
실제 지급·징수·신고·납부 내역을 먼저 맞춥니다
계약상 지급액, 프리랜서에게 실제 지급한 금액, 공제한 소득세와 지방소득세, 원천징수이행상황신고서 및 실제 납부내역을 대조합니다. 세액을 잘못 계산한 것인지, 신고서만 잘못 적은 것인지, 신고는 맞지만 납부만 잘못한 것인지에 따라 정정할 부분이 달라집니다. 신고내용이 맞고 납부만 부족하다면 신고서를 불필요하게 바꾸기보다 납부 차액과 가산세를 확인합니다.
과거 신고분을 정정하고 차액은 당월 A90에 반영합니다
처음 신고분 자체의 오류는 별도의 수정 원천징수이행상황신고서로 정정합니다. 귀속연월과 지급연월은 수정 전 신고서와 동일하게 적습니다. 월별 납부자라면 오류가 있는 원래 월별 신고분을 확인하며, 반기별 납부자는 실제 적용받는 반기의 신고단위와 귀속·지급연월을 확인해야 합니다.
수정신고로 발생한 납부·환급세액은 과거 수정신고서의 A90에 적는 것이 아니라, 수정신고하는 월에 제출하는 당월분 신고서의 A90에 옮겨 납부·환급세액을 조정합니다. 나중에 실제로 대금을 추가 지급한 경우에는 처음 신고의 오류정정과 구분하여 귀속연월을 정확히 적어 정상신고합니다.
원천징수사무처리규정 제9조는 오류나 누락 사유가 발생한 달의 다음 달 10일까지 수정신고서 제출과 추가세액 납부를 안내하도록 정하고 있습니다. 이 안내가 원래 납부기한 이후의 납부지연가산세를 면제한다는 뜻은 아니므로, 부족한 세액은 지체하지 않고 바로잡습니다.
적게 납부했다면 차액과 가산세를 확인합니다
원천징수할 세액을 과소납부했다면 추가 납부할 세액과 원천징수 등 납부지연가산세를 확인합니다. 프리랜서에게 덜 공제한 차액을 어떻게 정산할지도 함께 확인해야 하며, 지급자가 공제를 적게 했다는 사정만으로 원천징수 납부의무가 사라지지는 않습니다.
많이 납부했다면 조정환급 또는 환급신청을 합니다
잘못 원천징수하여 납부한 소득세는 원천징수 신고서에 환급내역을 반영하여 납부할 세액에서 조정할 수 있습니다. 조정 후 남은 환급세액은 다음 달로 이월하거나, 관할 세무서에 원천징수세액환급신청서를 제출해 환급받는 절차를 확인합니다. 신고서에 반영하지 않은 채 임의로 다음 납부액만 줄이면 과소납부로 처리될 수 있습니다.
환급신청 때에는 별지 제21호서식의 환급신청서 부표·기납부세액 명세서·전월미환급세액 조정명세서 등 해당 증빙을 준비합니다. 소득자의 종합소득세 신고에 이미 반영한 원천징수세액이 있다면 실제 환급·정산과 자료 정정내역을 확인해 이중 환급을 방지합니다.
지방소득세도 별도로 정정합니다
소득세 3%를 바로잡았다고 지방소득세 0.3% 신고·납부가 자동으로 정정되는 것은 아닙니다. 부족한 특별징수세액은 관할 지방자치단체에 수정신고·추가납부하고 가산세를 확인합니다. 잘못 특별징수하여 납부한 세액은 조정환급하거나 관할 지방자치단체에 환급을 신청하는 절차를 확인합니다. 환급청구에는 지방세기본법 시행규칙 별지 제23호서식을 사용합니다.
100만원 지급 사례로 보면
| 구분 | 소득세 | 지방소득세 |
|---|---|---|
| 정상 원천징수세액 | 3만원 | 3천원 |
| 2만원·2천원만 신고·납부했다면 | 부족액 1만원과 가산세 확인 | 부족액 1천원과 가산세 확인 |
| 4만원·4천원을 신고·납부했다면 | 초과액 1만원의 조정환급·환급신청 확인 | 초과액 1천원의 별도 환급절차 확인 |
지급명세서·간이지급명세서에 지급액이나 소득자 정보 등이 잘못 들어간 경우에는 원천세 정정과 별도로 해당 자료도 실제 지급내역에 맞게 정정하고 접수결과를 확인합니다.
관련 질문
관련 법령·서식 원문
소득세법 시행규칙 별지 제21호서식 — 수정신고서 작성방법 제4항
수정신고로 발생한 납부 또는 환급할 세액은 수정 신고서의 [A90]란은 적지 않으며, 그 세액은 수정신고하는 월에 제출하는 당월분 신고서의 수정신고 [A90]란에 옮겨 적어 납부ㆍ환급세액을 조정해야 합니다.
국가법령정보센터 | 소득세법 시행규칙 별지 제21호서식(2026. 5. 22. 개정)
원천징수사무처리규정 제9조 제1항 — 관련 부분 발췌
이미 제출한 신고서에 기록사항 또는 금액계산상 오류나 누락이 있는 경우 해당 사유가 발생한 달의 다음 달 10일까지 수정신고서를 제출하고 추가납부할 세액이 있는 경우 해당세액을 납부하도록 해당 원천징수의무자에게 안내하여야 한다.
국가법령정보센터 | 원천징수사무처리규정 제9·17·18조(국세청훈령 제2764호, 2026. 9. 21.)
소득세법 시행규칙 제93조 제3항
제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다.
지방세법 시행령 제100조의7 제2항
법 제103조의13에 따라 특별징수의무자가 이미 특별징수하여 납부한 지방소득세에 과오납이 있어 환급하는 경우에도 제1항을 준용한다.
국가법령정보센터 | 지방세법 시행규칙 제48조의2 제4항 — 잘못 특별징수한 세액의 환급
국가법령정보센터 | 지방세기본법 제49조 — 수정신고·추가납부
국가법령정보센터 | 지방세기본법 시행규칙 별지 제23호서식
국가법령정보센터 | 소득세법 제129조 제1항 제3호 — 사업소득 원천징수세율
국가법령정보센터 | 지방세법 제103조의13 — 지방소득세 특별징수
국가법령정보센터 | 국세기본법 제47조의5 — 원천징수 등 납부지연가산세
국가법령정보센터 | 지방세기본법 제56조 — 특별징수 납부지연가산세
검토일: 2026. 10. 1.