면세거래에 계산서 대신 세금계산서를 잘못 발급하면 계산서 미발급 가산세가 부과되나요?
원칙적으로 계산서 미발급 가산세는 부과되지 않습니다. 면세 용역을 과세거래로 착각하여 계산서 대신 세금계산서를 발급한 경우, 기획재정부와 국세청은 계산서를 발급한 것으로 보아 계산서 미발급 가산세를 적용하지 않는다고 해석했습니다. 그러나 잘못 발급한 세금계산서와 부가가치세 신고를 그대로 두어도 된다는 뜻은 아닙니다.
면세거래에는 원칙적으로 계산서를 발급합니다
부가가치세가 면제되는 재화·용역의 공급에는 일반적으로 계산서 발급의무가 적용되고, 세금계산서는 부가가치세 과세거래에 발급하는 것이 원칙입니다. 따라서 면세거래를 과세거래로 잘못 구분해 세금계산서를 발급한 것은 증빙종류의 오류입니다.
기획재정부는 착오로 발급한 세금계산서의 계산서 대체효과를 인정했습니다
법인세법 제121조제6항은 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급한 경우 계산서를 발급한 것으로 보는 규정을 두고 있습니다. 기획재정부 법인세제과-1279(2019. 9. 18.)는 의료업을 영위하는 비영리내국법인이 면세 용역을 공급하면서 계산서 대신 세금계산서를 발급한 경우 계산서 미발급 가산세가 적용되지 않는다고 회신했습니다.
국세청도 서면-2020-법인-5509(2021. 2. 23.)에서 이 해석을 인용했습니다. 해당 질의는 착오 발급 후 음(-)의 수정세금계산서와 계산서를 발급한 경우였습니다. 법률의 문구만으로 과세거래와 면세거래를 혼동한 모든 사례를 무조건 면책한다고 단정할 것이 아니라, 실제 거래가 있었고 착오 발급인지, 거래명세와 발급내용이 일치하는지 확인해야 합니다.
가산세가 없더라도 부가가치세 신고와 상대방의 매입세액공제는 바로잡아야 합니다
면세거래에 대한 세금계산서를 과세거래로 잘못 발급했다면 부가가치세법 시행령 제70조제1항제8호에 따른 수정세금계산서 발급 사유에 해당합니다. 처음 발급한 세금계산서 금액을 음(-)으로 수정하는 방식이 규정되어 있습니다. 필요한 경우 정상적인 계산서 발급 및 부가가치세 수정신고·경정청구 등 신고 정정을 검토합니다. 공급받은 자가 잘못된 세금계산서를 근거로 부가가치세 매입세액을 공제받았다면 공제가능 여부를 별도로 바로잡아야 합니다.
세금계산서가 없었던 거래와는 다릅니다
계산서도 세금계산서도 발급하지 않은 경우에는 계산서 미발급 가산세가 원칙적으로 문제 될 수 있고, 부가가치세법상 가산세 등과의 중복 여부도 별도로 확인해야 합니다. 이번 해석은 실제 면세거래에 대해 착오로 세금계산서를 발급한 상황의 결론입니다. 가공거래나 사실과 다른 명의의 세금계산서를 발급한 경우까지 같은 해석으로 처리할 수는 없습니다.
관련 질문
관련 법령·유권해석 원문
법인세법 제121조제6항
세금계산서 또는 영수증을 작성ㆍ발급하였거나 … 세금계산서합계표를 제출한 분에 대하여는 … 계산서등을 작성ㆍ발급하였거나 … 제출한 것으로 본다.
기획재정부 법인세제과-1279 (2019. 9. 18.)
부가가치세가 면제되는 용역을 공급하면서 … 세금계산서를 교부한 경우 … 계산서미발급가산세를 적용하지 않는 것임.
국세법령정보시스템 | 관련 회신에 수록된 기획재정부 유권해석
국세청 서면-2020-법인-5509 (2021. 2. 23.)
부가가치세법 시행령 제70조제1항제8호
국가법령정보센터 | 면세 등 세금계산서 발급대상 아닌 거래의 수정세금계산서
검토일: 2026. 10. 19.