전년도 귀속 사업소득의 원천세를 다음 해에 원천징수했다면 어느 연도에서 공제하나요?
사업소득이 전년도 귀속으로 확정되어 그 연도 종합소득세 과세표준에 포함된다면, 그 소득에 대한 원천징수세액도 원칙적으로 전년도 종합소득세 확정신고에서 기납부세액으로 공제합니다. 실제 대금을 지급하면서 원천징수한 날짜가 다음 해라는 사실만으로 다음 해의 종합소득세에서 공제하는 것은 아닙니다. 먼저 사업소득 자체의 귀속연도가 언제인지를 확정해야 합니다.
소득이 발생한 연도와 돈을 지급받은 연도는 다를 수 있습니다
소득세법 제39조제1항은 총수입금액과 필요경비의 귀속연도를 해당 수입과 비용이 확정된 날이 속하는 과세기간으로 정합니다. 예를 들어 2025년에 제공한 사업용역에 대한 대가가 2025년에 확정되어 2025년 귀속 사업소득으로 신고해야 하지만, 거래처가 실제 용역대금을 2026년 2월에 지급하는 사례가 있습니다. 이때 세법상 사업소득의 귀속연도와 돈이 입금된 연도를 동일하게 볼 수는 없습니다.
원천징수 시기는 실제 지급할 때가 원칙입니다
소득세법 제144조제1항은 원천징수의무자가 원천징수대상 사업소득을 지급할 때 원천징수하도록 정합니다. 따라서 일반적인 원천징수대상 사업소득을 2026년 2월에 지급하면 그때 소득세를 원천징수합니다. 이는 지급자의 원천징수 시기에 관한 규정이고, 수령자의 종합소득세 귀속연도를 지급연도로 바꾸는 규정은 아닙니다.
기납부세액은 해당 소득이 귀속되는 종합소득세 신고에서 공제합니다
소득세법 제76조제3항제4호는 종합소득세 확정신고납부 시 원천징수세액을 공제하도록 정합니다. 사업소득이 2025년에 귀속되고 그 소득에 대한 소득세가 2026년 지급 과정에서 원천징수됐다면, 원칙적으로 2025년 귀속 종합소득세 확정신고(2026년 신고)에서 해당 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하는 구조입니다. 같은 원천징수세액을 2026년 귀속 신고에서 다시 공제하지는 않습니다.
예를 들어 2025년 귀속으로 확정된 원천징수대상 사업소득 1,000만원을 2026년 2월 지급하면서 소득세 30만원과 지방소득세 3만원을 원천징수했다면, 소득세 30만원은 2025년 귀속 종합소득세 신고의 원천징수세액으로, 지방소득세 3만원은 해당 귀속연도의 개인지방소득세에서 각각 검토합니다. 3.3% 전액을 종합소득세 기납부세액으로 넣는 것은 잘못입니다.
홈택스에 조회되는 원천징수 자료의 연도를 확인해야 합니다
원천징수의무자가 신고한 귀속연월과 지급연월이 다르면 홈택스에 자동 수집된 지급명세서와 수취인이 신고하는 사업소득 귀속연도가 어긋날 수 있습니다. 사업용역의 공급·검수·정산일, 지급일, 원천징수영수증, 지급명세서 기재내역, 원천세 납부 사실을 확인해야 합니다. 필요한 경우 지급처에 소득 귀속연월이 정확한지 확인하고 잘못 제출된 지급명세서의 정정 여부를 검토합니다.
예외: 소득 자체가 다음 해에 확정되었다면?
2025년에 용역을 일부 수행했다는 이유만으로 반드시 2025년 귀속 수입금액이 되는 것은 아닙니다. 대가가 지급조건이나 검수 등에 따라 2026년에야 확정되고 세법상 수입시기도 2026년이라면 2026년 귀속 사업소득일 수 있습니다. 이 경우 그에 대한 원천징수세액은 2026년 귀속 신고에서 검토해야 합니다. 또한 보험모집인·방문판매원 등 연말정산 대상 사업소득에는 미지급 시 지급간주 등의 별도 특례가 있으므로 일반 3% 원천징수대상 인적용역 사례와 구분해야 합니다.
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소득세법 제39조제1항
총수입금액 및 필요경비의 귀속연도는 총수입금액과 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간으로 한다.
소득세법 제76조제3항제4호
확정신고납부 때 제127조에 따른 원천징수세액을 공제하는 규정입니다.
소득세법 제144조제1항
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국세청 원천징수 안내
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검토일: 2026. 10. 19.