법인이 관계회사에 시가보다 높은 임차료를 지급하면 초과 금액도 전액 손금으로 인정되나요?
아니요. 관계회사가 세법상 특수관계인이고 임차료를 시가보다 높게 지급하여 법인세 부담을 부당하게 줄인 것으로 인정되면, 초과 임차료를 모두 손금으로 인정받을 수는 없습니다. 법인세법상 부당행위계산부인 규정의 시가·적용기준을 확인해야 합니다.
관계회사라는 표현보다 세법상 특수관계가 중요합니다
특수관계인 해당 여부는 회사의 지분, 지배관계 등 실제 관계로 판단합니다. 단순히 같은 거래처이거나 서로 잘 아는 회사라는 이유만으로 모든 임차료 거래에 부당행위계산부인을 적용하는 것은 아닙니다. 실제 사무실을 사업에 사용했고 적정한 금액의 임차료를 지급했다면 일반적인 업무 관련 비용으로 검토할 수 있습니다.
시가보다 높은 임차료는 법정 부당행위 유형입니다
법인세법 시행령 제88조제1항제7호는 금전·자산·용역을 시가보다 높은 임차료 등으로 제공받는 경우를 부당행위 유형에 포함합니다. 다만 같은 조 제3항의 금액 기준도 확인해야 합니다. 일반적으로 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 5% 이상인 경우 해당 유형의 적용을 검토합니다. 차액 기준에 도달했다는 이유만으로 회사의 모든 임차료가 부인되는 것은 아니며 거래의 시가와 초과 지급에 따른 소득금액 조정을 구분해야 합니다.
시가 판단에는 비교 가능한 임대차가 우선입니다
법인세법 제52조제2항은 특수관계 없는 거래에서 통상 적용할 임대료를 기준으로 하고, 시행령 제89조는 유사한 조건의 제3자 거래가격을 우선 확인하도록 합니다. 실제 위치·면적·임대차 기간·보증금·관리비 및 시설 상태가 다른 임대차를 단순 비교해서는 안 됩니다. 비교가격이 없으면 시행령상 보충 계산방법을 검토합니다.
임대차 계약서와 시가 근거를 남깁니다
임대차 계약서, 법인의 업무사용내역, 보증금·월세·관리비, 특수관계 지분구조, 주변 비교임대료와 지급내역을 대조합니다. 보증금과 월세를 함께 고려하지 않고 월세 숫자만 비교하면 부당행위 여부를 잘못 판단할 수 있습니다.
관련 질문
관련 법령 원문
법인세법 제52조제2항
특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격
법인세법 시행령 제88조제1항제7호
금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우.
법인세법 시행령 제89조제1항
해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격
검토일: 2026. 10. 15.